La chiesa di San Martino è ricordata nel Liber notitiae sanctorum Mediolani, risalente alla fine del XIII secolo (Liber notitiae), ma non fu la prima chiesa curata di Besano. Nel 1574, infatti, il paese venne visitato da san Carlo Borromeo, che trovò la chiesa curata intitolata a San Maurizio. Il visitatore stabilì che venisse ampliata la cappella di San Maurizio, perché fosse trasformata in chiesa parrocchiale. Propose invece la demolizione della cappella di San Martino, costruita sopra un colle. All'epoca della visita dell'arcivescovo Gaspare Visconti, cioè nell'ottobre del 1586, le località di Besano e Porto si trovavano a dipendere, a quanto sembra, dal curato di Cuasso al Piano. Secondo gli atti della visita di monsignor Averoldo del 1597, Besano risultava sottoposta a Cuasso. Solo nel 1908, dopo la stipula e l'accettazione dei patti di divisione, si giunse a separare Porto e Besano da Cuasso al Piano. Venne concessa licenza di riscuotere 200 lire all'anno nei paesi per il sostentamento dei parroci e si arrivò quindi all'erezione della parrocchia, con decreto di Monsignor Andrea Perbenedetto (Registro parrocchie e canonicati diocesi di Milano, 1502). La parrocchia rimase compresa nella pieve di Arcisate. Nel 1722 si stabilì lo smembramento da Besano di Porto, che divenne parrocchia autonoma. La dedicazione della parrocchiale passò da San Maurizio a San Martino, mentre l'antica cappella di San Martino, demolita e ricostruita, venne dedicata alla Madonna di San Martino (Buzzi 1983). Tra XVII e XVIII secolo, la parrocchia di Besano è costantemente ricordata negli atti delle visite pastorali compiute dagli arcivescovi di Milano e dai delegati arcivescovili nella pieve di Arcisate.