La parrocchia di Pogliana nacque il 31 dicembre 1896, distaccandosi dalla parrocchia di Bisuschio. Venne eretta sotto la pieve di san Vittore martire di Arcisate. Alla parrocchia è sottoposta solo la chiesa parrocchiale dei santi Sebastiano ed Anna.

In seguito al Sinodo Colombo del 1971-1972 (decreto 11 marzo 1971) la parrocchia passò sotto il vicariato foraneo di Arcisate, poi decanato di Arcisate e, a partire dal 1979, decanato di Valceresio, nella zona II di Varese dell'arcidiocesi di Milano.